Come si annulla una fattura elettronica già inviata? Dipende dall'esito dello SdI. Se la fattura è stata scartata, fiscalmente non risulta emessa: correggi l'errore e trasmettila di nuovo. Se invece è stata consegnata o messa a disposizione del destinatario, non puoi eliminarla dallo SdI: in genere devi emettere una nota di credito elettronica TD04, totale o parziale, e poi creare una nuova fattura corretta se l'operazione resta valida.
Per un professionista sanitario c'è un controllo in più. L'invio al Sistema di Interscambio e quello al Sistema Tessera Sanitaria non sono la stessa cosa. Una cancellazione dal TS corregge i dati destinati alla dichiarazione precompilata, ma non annulla da sola un documento fiscale già emesso. Confondere i due flussi può produrre un secondo errore mentre stai cercando di risolvere il primo.
In questa guida parti dallo stato reale del documento, scegli la procedura corretta e conservi una traccia verificabile di ogni passaggio. Le indicazioni coprono i casi più comuni; per importi rilevanti, operazioni già liquidate o dubbi sull'articolo 26 del DPR 633/1972, fai validare il trattamento dal commercialista.
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Annullare una fattura elettronica: la risposta in 30 secondi
Non esiste un pulsante universale “annulla fattura elettronica”. La procedura dipende da ciò che lo SdI ha già fatto.
La distinzione fondamentale è quindi questa: lo scarto consente di correggere la fattura non emessa; l'accettazione dello SdI richiede un nuovo documento che rettifichi quello già emesso. La circolare 13/E del 2018 del Ministero dell'Economia e delle Finanze chiarisce proprio il trattamento della fattura scartata e della successiva trasmissione.
Primo passo: controlla la ricevuta dello SdI
Prima di creare una nota di credito, recupera il file della fattura, la ricevuta e l'identificativo SdI. Controlla lo stato nel canale utilizzato per la trasmissione o nel portale Fatture e Corrispettivi. Il nome mostrato dal software può variare, ma devi capire se hai ricevuto uno scarto oppure se il documento è stato acquisito dal sistema.
Le notifiche più comuni sono:
- ricevuta di scarto: contiene un codice e una descrizione dell'errore; la fattura non è emessa;
- ricevuta di consegna: il documento è stato recapitato al canale del cliente ed è emesso;
- impossibilità di recapito: il documento è stato acquisito ma non consegnato al recapito telematico; resta disponibile al cliente nell'area riservata;
- notifiche della Pubblica Amministrazione: seguono il flusso FatturaPA e richiedono di leggere anche l'esito dell'ufficio destinatario.
Se lo stato è ancora “in elaborazione”, evita di trasmettere una seconda fattura con gli stessi dati. Due invii acquisiti possono trasformare un semplice ritardo di elaborazione in una duplicazione da stornare.

Mancata consegna non significa scarto
È un equivoco frequente. La mancata consegna non autorizza a rifare la fattura come se la prima non esistesse. Secondo le regole dell'Agenzia, il documento messo a disposizione del destinatario è comunque emesso. Devi informare il cliente che può consultarlo nell'area riservata e, se utile, inviargli una copia di cortesia. Se i dati fiscali sono corretti, non serve annullarlo solo perché PEC o codice destinatario non hanno consentito il recapito.
Caso 1: la fattura è stata scartata
Una fattura scartata dallo SdI è considerata non emessa. Non devi produrre una nota di credito per neutralizzarla, perché fiscalmente non c'è ancora un documento da stornare.
La procedura pratica è questa:
- apri la ricevuta di scarto e identifica il codice errore;
- correggi il dato che ha causato lo scarto, per esempio partita IVA, codice fiscale, formato o natura IVA;
- conserva la ricevuta insieme alla prima trasmissione;
- rigenera il file corretto;
- ritrasmettilo preferibilmente entro cinque giorni dalla notifica di scarto;
- controlla che il secondo invio riceva un esito positivo.
La circolare 13/E indica come soluzione preferibile una nuova trasmissione con stessa data e stesso numero del documento originario. Se ciò non è possibile, ammette soluzioni che mantengano un collegamento chiaro con la fattura scartata e una corretta continuità della numerazione. È una situazione da gestire con il proprio sistema contabile: non improvvisare una numerazione alternativa senza registrare la relazione tra i documenti.
La scadenza dei cinque giorni riguarda la riemissione dopo lo scarto e non cancella gli ordinari termini di emissione. Se ti accorgi tardi della notifica, trasmetti la fattura corretta senza ulteriori attese e informa il consulente, che valuterà eventuali conseguenze e regolarizzazioni.
Per prevenire gli scarti più comuni, prima dell'invio ricontrolla i campi spiegati nella guida su come compilare la prima fattura elettronica e nella checklist dedicata agli errori della fatturazione elettronica.

Caso 2: la fattura è consegnata o messa a disposizione
Quando lo SdI ha acquisito la fattura, non puoi richiamare il file, sovrascriverlo o cancellarlo dall'archivio fiscale. Se l'errore incide sul documento, la correzione avviene in genere con una nota di variazione in diminuzione, comunemente chiamata nota di credito.
Nel tracciato della fattura elettronica il tipo documento ordinario è:
- TD04 per la nota di credito;
- TD08 per la nota di credito semplificata, nei casi in cui sia utilizzabile.
La guida ufficiale dell'Agenzia delle Entrate alla compilazione della fattura elettronica descrive i tipi documento e collega il TD04 alla nota di variazione in diminuzione prevista dall'articolo 26 del DPR 633/1972.
Come emettere una nota di credito TD04
Per stornare interamente una fattura già inviata:
- crea un nuovo documento, con numero progressivo e data propri;
- seleziona il tipo documento TD04;
- usa gli stessi dati del cedente e del cliente della fattura da rettificare;
- indica nel testo il numero e la data della fattura originaria;
- riporta imponibile, IVA, natura, cassa e bollo coerenti con l'importo da stornare;
- trasmetti la nota di credito allo SdI;
- attendi e conserva la ricevuta;
- se la prestazione o cessione resta valida, emetti poi una nuova fattura corretta.
Non trasformare la vecchia fattura in un file “negativo” mantenendo lo stesso numero. La nota di credito è un documento autonomo e deve essere riconoscibile nella sequenza contabile.
L'esempio mostra la sequenza, non stabilisce quali numeri usare nel tuo registro. Puoi adottare una numerazione unica o una serie separata per le note di credito in base all'organizzazione contabile, purché ogni documento sia identificato in modo univoco e coerente.
Storno totale o parziale?
Usa lo storno totale quando il documento è duplicato, intestato al soggetto sbagliato, riferito a un'operazione inesistente oppure contiene errori tali da richiedere la sua sostituzione completa. Dopo il TD04, crea la nuova fattura solo se l'operazione deve essere effettivamente fatturata.
Usa lo storno parziale quando devi ridurre una quantità, restituire soltanto una parte del corrispettivo o riconoscere uno sconto successivo. La nota di credito deve riportare solo la quota da rettificare e un riferimento inequivocabile al documento originario.

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Quale correzione usare per ogni errore
Non ogni anomalia richiede di annullare tutto. Questa matrice aiuta a impostare il confronto con il commercialista.
Per data, numero, bollo o qualificazione IVA non applicare una regola automatica. Un errore apparentemente piccolo può modificare liquidazioni, registri o dichiarazioni; al contrario, un problema nel solo canale di recapito può non richiedere alcuna variazione fiscale. Se la fattura è esente, verifica anche il trattamento spiegato nella guida sulla marca da bollo nelle fatture sanitarie.
Il caso dei professionisti sanitari: SdI e privacy
Per le prestazioni sanitarie rese a persone fisiche, il controllo non può limitarsi all'esito tecnico. Il divieto di emettere tramite SdI le fatture relative a prestazioni sanitarie verso consumatori è stato reso strutturale dal decreto legislativo 81/2025. Il Garante per la protezione dei dati personali precisa inoltre che la fattura sanitaria non va trasmessa allo SdI neppure quando il paziente si è opposto all'invio dei dati al Sistema TS. Il testo del decreto pubblicato in Gazzetta Ufficiale ha eliminato il precedente riferimento ai singoli periodi d'imposta.
In pratica:
- una prestazione sanitaria a un paziente persona fisica segue la fatturazione cartacea o analogica e, quando previsto, il flusso Sistema TS;
- una fattura verso un'azienda, una struttura o un altro titolare di partita IVA può seguire il canale elettronico, se ne ricorrono i presupposti;
- la sola opposizione del paziente al TS non trasforma la fattura sanitaria in una fattura da inviare allo SdI;
- una fattura “mista” che contiene anche dati relativi a prestazioni sanitarie richiede particolare cautela e non va trattata come un normale documento B2C.
Se hai inviato per errore allo SdI una fattura sanitaria a una persona fisica, la nota di credito può rettificare l'effetto fiscale del documento, ma non cancella tecnicamente i dati già transitati nel sistema. Interrompi eventuali ulteriori trasmissioni, conserva le ricevute, coinvolgi subito commercialista e referente privacy e valuta le misure documentali necessarie. Poi emetti il documento corretto attraverso il canale appropriato. La guida sulla fatturazione elettronica sanitaria approfondisce il confine tra pazienti, aziende e Sistema TS.

Come annullare o correggere un invio al Sistema TS
Il Sistema TS raccoglie dati di spesa sanitaria per la dichiarazione precompilata. Non è l'archivio delle fatture elettroniche dello SdI. Perciò devi separare due domande:
- il documento fiscale è sbagliato? Potrebbe servire una nota di credito o un nuovo documento;
- i dati comunicati al TS sono sbagliati? Devi correggere, cancellare o reinviare la trasmissione TS.
Le specifiche pubblicate con il decreto del Ministero dell'Economia e delle Finanze del 18 luglio 2023 prevedono operazioni collegate all'identificativo della spesa. Una variazione sostituisce i dati precedentemente trasmessi; se devi cambiare elementi identificativi non modificabili con la variazione, occorre cancellare il record precedente e inserirne uno corretto. Il rimborso, invece, descrive una restituzione economica reale e non va usato come sinonimo di correzione tecnica.
Il flusso in Appuntoo
Nella sezione Fatturazione e Sistema TS di Appuntoo vedi per ogni fattura lo stato Non inviata, Inviata o Cancellata. Lo storico conserva protocollo, data, importo, esito e messaggi del Sistema TS.
Dopo l'invio, Appuntoo blocca modifica ed eliminazione della fattura per evitare che la copia locale diverga dai dati trasmessi. Se devi correggerla:
- apri lo storico Sistema TS della fattura;
- controlla protocollo ed esito dell'operazione;
- avvia la cancellazione dal TS;
- conferma esplicitamente l'operazione;
- verifica che lo stato diventi “Cancellata”;
- modifica i dati locali;
- reinvia al TS e controlla il nuovo protocollo.
Questa procedura corregge la comunicazione TS. Se il documento consegnato al paziente deve essere stornato fiscalmente, gestisci anche la nota di credito o il documento rettificativo concordato con il commercialista. Per il processo completo, consulta anche la guida su come inviare i dati al Sistema Tessera Sanitaria.

Nota di credito, cancellazione TS e rimborso: tre azioni diverse
In alcuni casi devi eseguire più azioni coordinate. Se rimborsi interamente una prestazione sanitaria già fatturata e comunicata, per esempio, potresti dover documentare la variazione fiscale, registrare la restituzione e aggiornare il TS. La corretta sequenza dipende dalla natura del documento, dalla data dell'operazione e dalla trasmissione già effettuata.
Entro quando si può annullare una fattura elettronica?
Non esiste un unico termine chiamato “tempo per annullare”. Devi distinguere:
- fattura scartata: va corretta e ritrasmessa preferibilmente entro cinque giorni dalla notifica;
- fattura da emettere: la regola generale per la fattura immediata consente l'emissione entro dodici giorni dall'effettuazione dell'operazione, salvo regole specifiche;
- nota di credito: tempi e possibilità di recupero dell'IVA dipendono dalla causa prevista dall'articolo 26, dalla presenza o meno di un accordo tra le parti e dal momento in cui si verifica l'evento;
- Sistema TS: invii, variazioni e cancellazioni seguono le scadenze del periodo di riferimento e le regole tecniche vigenti.
Per questo non aspettare la chiusura del trimestre o dell'anno. Appena scopri l'errore, blocca gli automatismi collegati, salva le ricevute e comunica al consulente data, numero, esito SdI, destinatario e motivo della correzione.
Gli errori da evitare durante lo storno
1. Eliminare soltanto il documento dal gestionale
Rimuovere un PDF o una riga dalla propria schermata non elimina ciò che lo SdI ha già acquisito. Peggio: perdi il collegamento che ti serve per ricostruire la correzione. Mantieni sempre fattura, nota di credito e ricevute nello stesso fascicolo digitale.
2. Inviare una nuova fattura prima di conoscere l'esito
Se il primo file era solo in elaborazione, il secondo può diventare un duplicato. Attendi la ricevuta oppure verifica lo stato con il canale di trasmissione.
3. Emettere una nota di credito per una fattura scartata
La fattura scartata non è emessa. Una nota di credito inviata allo SdI si riferirebbe quindi a un documento fiscalmente inesistente e aggiungerebbe complessità alla numerazione.
4. Correggere la copia locale senza correggere TS o SdI
La modifica sul computer non si propaga agli archivi esterni. È proprio per prevenire questo disallineamento che Appuntoo protegge le fatture già inviate al TS.
5. Confondere rimborso e correzione
Un rimborso segnala che hai restituito una somma. Una cancellazione tecnica rimuove dati errati. Usa causali e operazioni aderenti a ciò che è realmente successo.
6. Pensare che la nota di credito cancelli un problema privacy
Il TD04 produce effetti fiscali, ma non fa sparire retroattivamente i dati sanitari da un'infrastruttura che li ha già ricevuti. Se hai usato lo SdI per una prestazione sanitaria B2C, affronta separatamente l'aspetto privacy.

Checklist operativa prima di chiudere la correzione
Usa questo controllo finale per evitare documenti orfani o doppi:
- Ho salvato la fattura originale e la ricevuta dello SdI.
- Ho verificato se l'esito è scarto, consegna o impossibilità di recapito.
- Se era scartata, ho corretto la causa senza creare un TD04 inutile.
- Se era emessa, ho stabilito con il consulente se serve storno totale o parziale.
- La nota di credito cita numero e data della fattura originaria.
- Ho controllato imponibile, IVA, natura, cassa e bollo.
- Ho trasmesso l'eventuale nuova fattura solo dopo aver definito lo storno.
- Per una prestazione sanitaria, ho verificato separatamente il divieto SdI.
- Ho aggiornato la trasmissione al Sistema TS quando necessario.
- Ho conservato ricevute, protocolli e motivazione della correzione.
- Ho avvisato il cliente o paziente con una comunicazione comprensibile.
- Ho verificato registri, incasso, rimborso e scadenze con il commercialista.
Come Appuntoo riduce gli errori di fatturazione sanitaria
Correggere bene è importante; evitare i disallineamenti lo è ancora di più. Appuntoo collega la fatturazione sanitaria alla scheda del paziente. Numero e anno vengono proposti, mentre il riepilogo calcola imponibile, IVA, cassa previdenziale, bollo e totale sulla base dei dati inseriti. Prima della consegna puoi aprire l'anteprima, scaricare il PDF o inviarlo per email.
L'anagrafica pazienti riduce la necessità di ricopiare ogni volta dati fiscali e contatti. Per il TS hai stato, protocollo e cronologia delle operazioni: se cancelli un invio per correggerlo, il documento resta in locale e diventa nuovamente modificabile. Questo rende visibile la sequenza “invio, cancellazione, reinvio” invece di nasconderla dietro file con nomi simili.
La gestione non finisce con il documento. Le statistiche e i report aiutano a controllare guadagni, fatturato e spese; le notifiche email mantengono ordinata la comunicazione operativa con i pazienti. Il piano Free include fino a 30 pazienti, fatturazione, Sistema TS, statistiche, prenotazioni online ed email illimitate. Nella pagina prezzi di Appuntoo trovi il confronto aggiornato con i piani Professionista e Studio.
Appuntoo non sostituisce il commercialista e non decide al posto tuo se un errore richiede TD04, TD05 o un'altra rettifica. Ti offre però una base ordinata: anagrafiche, documenti, stato TS e storico restano collegati, così puoi fornire al consulente dati completi invece di ricostruire l'accaduto da email e cartelle separate.

Domande frequenti
Si può cancellare una fattura elettronica dal sito dell'Agenzia delle Entrate?
No. Se la fattura è stata acquisita dallo SdI, non puoi eliminarla come un file. Quando occorre ridurne o azzerarne gli effetti, emetti un documento rettificativo, normalmente una nota di credito TD04. Se invece hai ricevuto una ricevuta di scarto, correggi e ritrasmetti la fattura.
Una fattura scartata richiede una nota di credito?
No. La fattura scartata si considera non emessa. Devi correggere il motivo dello scarto e ritrasmetterla, preferibilmente entro cinque giorni dalla notifica, conservando la ricevuta e il collegamento con il primo invio.
Una fattura con impossibilità di recapito va rifatta?
Non per il solo mancato recapito. La fattura è stata emessa ed è disponibile nell'area riservata del cliente. Informalo e inviagli una copia di cortesia. Se il documento contiene un errore sostanziale, correggilo con la procedura prevista per una fattura già emessa.
Come si compila una nota di credito elettronica?
La nota di credito è un nuovo documento con data e numero propri, tipo TD04, dati delle parti e riferimento esplicito alla fattura originaria. Riporta gli importi da stornare con trattamento fiscale coerente. Se lo storno è solo parziale, indica esclusivamente la quota da rettificare.
Che cosa faccio se ho inviato due volte la stessa fattura?
Prima verifica che entrambi i file siano stati acquisiti. Se uno è scartato, non esiste duplicazione fiscale. Se entrambi sono emessi, in genere si storna integralmente il documento duplicato con una nota di credito che lo identifichi chiaramente.
Come annullo una fattura sanitaria inviata per errore allo SdI?
Coinvolgi immediatamente commercialista e referente privacy. La nota di credito può neutralizzare il documento dal punto di vista fiscale, ma non rimuove i dati già transitati nello SdI. Emetti poi il documento corretto attraverso il canale adatto e verifica separatamente l'eventuale comunicazione al Sistema TS.
Cancellare un invio al Sistema TS annulla anche la fattura?
No. La cancellazione TS corregge i dati della spesa sanitaria destinati alla precompilata. Non equivale automaticamente allo storno fiscale del documento. Se anche la fattura è sbagliata, devi gestire entrambe le operazioni in modo coordinato.
In sintesi
Per annullare correttamente una fattura elettronica, non partire dal tipo di errore: parti dalla ricevuta. Scartata significa non emessa, quindi correggi e ritrasmetti. Consegnata o messa a disposizione significa emessa, quindi non cancelli il file e, quando necessario, rettifichi con una nota di credito TD04. Nel settore sanitario aggiungi sempre un controllo separato su privacy e Sistema TS.
La procedura più sicura lascia una catena leggibile: documento originario, ricevuta, nota di credito, eventuale nuova fattura, protocolli TS e comunicazioni al cliente. È questa tracciabilità, più di qualsiasi pulsante “annulla”, che ti permette di chiudere davvero l'errore.
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